日本学校歯科医会では毎年度、学校歯科保健への取り組みが優良と判断された学校を学校歯科保健優良校として表彰しています。
本事業は、「保健教育と保健管理とによって、学童のむし歯半減を達成した学校ができるだけ多くなること」を願い、構想されました。
当時から本会が実施していた学童むし歯半減運動の趣旨の徹底、普及を図るために、「全日本よい歯の学校表彰事業」という名称で、昭和35年（1960年）から実施したことが始まりです。
当初は永久歯処置率50%以上の学校を表彰の対象としていましたが、昭和56年（1981年）には5,000校を超える表彰校が出たため、昭和57年（1982年）で一旦休止し、昭和58年（1983年）から59年（1984年）のあいだは「学校歯科保健推進モデル校表彰事業」を行いました。
昭和60年（1985年）から「全日本よい歯の学校表彰事業」が再開され、平成10年（1998年）からは名称が「全日本学校歯科保健優良校表彰」となり現在に至っています。